Em 15 de novembro de 1889, aconteceu a Proclamação da República, liderada pelo Marechal Deodoro da Fonseca. Nos cinco anos iniciais, o Brasil foi governado por militares. Deodoro da Fonseca, tornou-se Chefe do Governo Provisório. Em 1891, renunciou e quem assumiu foi o vice-presidente : Floriano Peixoto. O militar Floriano, em seu governo, intensificou a repressão aos que ainda davam apoio à monarquia.
Com a derrubada do governo monárquico foi constituído um governo provisório chefiado pelo marechal Deodoro da Fonseca, que governou o país até 1891. O Governo Provisório tomou algumas medidas importantes tais como a separação oficial entre a Igreja e o Estado, acabando com o regime do Padroado (a Igreja obteve autonomia e liberdade para tomar decisões relativas a questões religiosas e administrativas); a instituição do casamento civil e a criação da bandeira republicana com o lema "Ordem e Progresso". No Governo Provisório surgiram também disputas políticas em torno do modelo republicano que seria implantado. Os militares defenderam um regime republicano centralizado, com um Poder Executivo forte o bastante para controlar o Poder Legislativo e Judiciário, e no qual os Estados (as antigas províncias) não tivessem autonomia. Os grandes proprietários agrários, sobretudo os ricos cafeicultores paulistas, se opunham a esse modelo e defenderam um regime republicano federalista, onde os Estados fossem autônomos a ponto de poderem ser controlados econômica e administrativamente em benefício dos seus interesses.
